Mucho se ha especulado sobre el origen de los dialectos. El historiador zuberotarra Arnaut Oihenart defendía que coincidía con los antiguos pueblos vascos; el Bizkaitarra era el propio de los caristios, el gipuzkoano el de los várdulos, el alto navarro de los baskones pero falla la teoría en Araba y Lapurdi.
Serapio Mújika y Julio Caro Baroja defendieron durante el siglo XX que el origen se debía a las antiguas mugas de las distintas diócesis eclesiásticas, pero esta teoría vuelve a fallar en Gipuzkoa (diócesis de Pamplona), la zona del Bidasoa, ya que no se habla Labortano en toda ella, y en el pirineo navarro (subdialectos del labortano y zuberotarra o suletino).
En los últimos años va cogiendo fuerza una nueva teoría sobre el origen de los dialectos presentada por Koldo Mitxelena y por el profesor de la UPV-EHU Koldo Zuazo. En ella defienden que el origen es mucho más reciente de lo que se pensaba ya que existe una gran similitud entre ellos, incluso en los neologismos utilizados. Los dialectos más diferentes se dan en los extremos (Bizkaitarra, Ronkales, Zuberotarra).
Las diferencias vendrían dadas por las relaciones comerciales entre las distintas comarcas. Por un lado estarían las vías que unen la costa bizkaina con la meseta pasando por Gasteiz (Altube, Barazar, Arlaban); en Tolosa, a partir del s.XIII se crearía otro polo con influencia en los valles colindantes; la comarca del Bidasoa ha sido la salida natural al mar desde Pamplona y los valles pirenaicos del norte con sus vecinos del sur.
La mayor diferencia se da entre los dialectos del oeste (Bizkaia) y del este (Alta Navarra, Iparralde) motivado por la conquista de la nabarra occidental en 1200. Las ocupaciones española (1512) y francesa (1620) del resto de Nabarra provocaron las diferencias más notables entre los dialectos de Iparralde (norte) y Hegoalde (sur) y el acercamiento de nuevo entre los dialectos de Hegoalde.
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