El nombre de Lapurdi viene del antiguo castro romano de Lapurdum. No se conoce cuando se constituyó en diócesis pero lo hizo tras separarse de la diócesis de Akize (Dax) y su jurisdicción se extendía hasta Hernani y las cuencas de los ríos Bidasoa y Errobi.
Entre los años 840 y 860 Lapurdum, la antigua Baiona, fue destruida por los normandos y ocupada hasta el año 986 en el que fue liberada por el príncipe de Baskonia Guillermo Sancho (963-997). Guillermo Sancho estaba casado con Urraca, hija del rey de Pamplona, García Sánchez I (925-970) y hermana de Sancho Garcés II “Abarca (970-994) y Ramiro, rey (gobernador) de Viguera, en la rioja.
En 1023 el rey de Pamplona Sancho Garcés III “el Mayor” (1004-1035) crea el Vizcondado de Lapurdi, separándolo del Ducado de Baskonia, del que su príncipe Sancho Guillermo (1010-1032) era vasallo suyo. Los primeros vizcondes serán sus parientes Lupo Sancho (1023-1060) y Fortun Sancho (1060-1062), nietos del mencionado Ramiro y que también tenían tenencias (cargos militares y administrativos) al sur del pirineo (Nájera, Sangüesa, Loarre, etc). Sus límites se asemejarían mucho a los de la diócesis de Lapurdum, pero los documentos no lo dejan del todo claro.