Los reyes de Navarra continuaron gobernando al norte de los pirineos en sus territorios soberanos de la Baja Navarra y Bearne, además de sus dependencias de las casas de Albret (Labrit) y Foix. En 1514 se confirman los fueros de Lapurdi y Baiona. Enrique III de Navarra y Bearne (1572-1610) tras convertirse al catolicismo subió al trono de Francia en 1593. Esto no supuso la integración en Francia, ya que mantuvo la independencia de Navarra, cuyas cortes estaban en Pau y se seguía acuñando moneda en Donapaleu.
En 1596 y de nuevo en 1607, Enrique III de Navarra y IV de Francia, decidió no integrar en Francia, el Reino de Navarra, el País soberano de Bearne, Donazan y Flandes, sus ducados, condados, vizcondados y tierras, manteniéndolas desunidas a Francia.
Tras su asesinato en 1610, el poder recayó en un niño, el futuro Luis XIII, educado en la corte francesa bajo el ultracatólico cardenal Richelieu. Tras alcanzar la mayoría de edad entró “manu militari” integrando en 1620 todos los territorios a la corona de Francia.
Como vestigio de tantos siglos de convivencia nos ha quedado el dialecto del euskara navarro-labortano, que coincide a grandes rasgos con lo que fueron el vizcondado de Lapurdi y la diócesis de Baiona.
