En lo alto del promontorio conocido como Malmasín se asentaba el castillo nabarro de Malvecin. Este castillo protegía la margen izquierda del rio Nervión y la zona portuaria llamada Puerto de Bilbao, donde después fue creada la villa. Este castillo fue arrebatado a los nabarros por los castellanos en 1174.
El privilegio de la villa de Bilbao, fechado en Valladolid, el 15 de junio de 1300, cien años después de la conquista castellana de la Nabarra occidental nos da noticia de la preexistencia de Bilbao. El puerto de Bilbao, como era conocido hasta la nueva fundación, era parte de la anteiglesia de Begoña. Las recientes excavaciones en la iglesia de San Antón han puesto al descubierto lienzos de muralla datados en el siglo XII, cuando Bilbao todavía formaba parte del reino de Nabarra.
La Gran Vía Bilbaína en un principio dedicada a San Mamés, hoy honra la memoria de Diego López de Haro V (1295-1310) quien otorgo a la villa el fuero de Logroño. La re-fundación de villas u otorgación de cartas puebla por parte de Castilla fue una decisión política de la corona castellana para afianzar su posición en un territorio conquistado. La fundación de la villa responde a intereses políticos motivados por el expansionismo de Castilla hacia el mar. En 1602 la villa de Bilbao tomó el relevo a Bermeo como capital de Bizkaia.