El reino de Navarra, pese a ser un estado neutral durante la guerra que enfrentaba a Castilla-Aragón contra Francia, fue invadida por las tropas del católico Fernando de Aragón "el falsario", regente de Castilla tras la muerte de su esposa Isabel en 1504 y su yerno Felipe I en 1506.
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Para ello engañó a sus aliados, los ingleses, que esperaban la orden, que nunca llegó, de atacar Baiona. Falsificó tratados como el de Blois y bulas papales de excomunión a los legítimos reyes de Navarra. Utilizó su mejor ejército, proveniente de la guerra en Italia al que sumó tropas vasconas, alistadas por obligación, para ir a combatir contra sus propios hermanos.
Iruña/Pamplona, de unos 6.000-8.000 habitantes nada pudo hacer ante los 12.000 hombres del Duque de Alba que entraron el 25 de Julio de 1512. Tras ella cayeron el resto de poblaciones, las que más resistieron fueron Tudela (9 de septiembre) y Garazi (10 de sep.)donde las propias cronicas castellanas hablan de la dureza con que trataron a la población.
Los reyes de Navarra partieron a Pau desde donde organizaron un ejército que intentó la reconquista entre octubre y diciembre. La nieve obligó a retirarse de nuevo a sus posesiones en iparralde. Por el camino de Belate quedaron unos cañones que nobles gipuzkoanos lucieron en su escudo ganandose el favor del rey español.
Tras la muerte del rey de Castilla y Aragón en 1516, un nuevo ejército Navarro-Gascón se internó de nuevo con dirección a Iruña pero fue desbaratado y su mariscal Pedro de Navarra fue apresado en Izaba y conducido a la prisión de Simancas donde morirá asesinado en 1522. El cardenal Cisneros, regente del reino de Castilla, ordenó destruir la mayoria de los castillos navarros para evitar sublevaciones.
Los conflictos internos en Castilla obligan a retirar parte del ejército de ocupación español y animan al nuevo rey de Navarra, el sangüesino Enrique II (1517-1555) a enviar un nuevo ejército en 1521 que rapidamente recupera toda la Baja y Alta Navarra. Las poblaciones se sublevan a favor del rey navarro y echan a los castellanos.
Tras el intento de sitiar Logroño, puerta del reino, los castellanos llegan con su ejercito. Persiguen al navarro hasta Noain donde lo derrotan en 30 de junio de 1521. Se habla de 5.000 muertos entre los navarros. Los supervivientes toman los castillos de Garazi, Amaiur y Hondarribia.
En 1522 los españoles derrotan a los Navarro-Lapurtanos en Behobia (30 de junio) y Amaiur (22 de julio). Garazi cae en manos españolas pero al llegar el invierno es recuperada. Finalmente Hondarribia capituló en 1524.
Posteriormente en 1527 los bajonavarros echaron a los españoles definitivamente de sus tierras. El emperador Carlos V abandonó en 1530 sus intentos de dominar ésta parte de Nabarra que continuó independiente hasta 1620, en que fué conquistada por las tropas de Luis XIII de Francia.