Gipuzkoa, a lo largo de la historia, no ha estado configurada de igual manera. El actual territorio nace de las sucesivas conquistas que el reino de Castilla fue arañando al estado independiente que nos englobó a todos los vascos, Nabarra.
Los cronistas de Carlomagno, tras ocupar la actual Gasconia (Baskonia), llamaban nabarros a los baskones que eran independientes para diferenciarlos de los que tenía sometidos. Éstos navarros se organizaron creando el reino de Pamplona en el año 824.
La línea que separa las diócesis de Pamplona/Iruñea y Baiona pudo ser la frontera con el reino Franco y el hecho de que la Gipuzkoa nuclear (Ipuzkoa) esté dentro de la diócesis Pamplonesa hace pensar que Gipuzkoa formó parte del reino de Pamplona desde el principio.
La actividad de los vikingos por las costas, hizo que éstas estuvieran casi despobladas. En el año 859 el mismísimo rey de Pamplona García Enekez fue capturado ¿en Gipuzkoa quizás? y liberado tras el pago de un rescate.
Los primeros documentos hablan de donaciones de monasterios Gipuzkoanos al monasterio nabarro-aragonés de San Juan de la Peña en tiempos de Sancho III “el Mayor” (1004-1035). Los reyes al firmar los documentos nombraban las diócesis sobre las que gobernaban, “rey en Pamplona, Alava y Nájera” por lo que se omitían Bizkaia o Gipuzkoa que estaban integradas en Alava y Pamplona.
La comarca del Bidasoa perteneció a la diócesis de Baiona hasta el año 1567 en que Felipe II de España presionó al Papa para que la separase y la integrase en la de Pamplona y así fortalecer la frontera con la parte independiente del reino de Nabarra con la escusa de cerrar el paso a las ideas reformistas.