Durante los siglos XIII, XIV y XV los hidalgos labortanos estuvieron al servicio del rey de Navarra. Tras la conquista castellana de Araba, Bizkaia y Gipuzkoa del año 1200, los comerciantes y tropas navarras utilizaron casi en exclusiva el puerto de Baiona, con tripulaciones de esta ciudad. La marina Bayonesa inventó el timón llamado “a la navarra” o “a la bayonesa”. Baiona conoció un periodo de explendor durante el cual se construyó la actual catedral.
En 1337 comenzó la llamada guerra de los 100 años entre Inglaterra y Francia en la cual se vio involucrada Navarra, que ayudo a los franceses hasta ser traicionados por Juan II de Francia, lo que motivó que comenzasen a apoyar a los ingleses. El final de la guerra llegó con las tomas de Baiona en 1451 en la que muchos navarros colaboraron en su defensa y Burdeos en 1453.
Los ingleses fueron expulsados de Lapurdi entre 1449 y 1451 por Gastón IV de Bearne (1436-1472), señorío independiente de Francia, por lo que sumó Lapurdi a las tierras que ya poseía por toda Gascuña como eran los condados de Bigorra, Foix y los vizcondados de Zuberoa, Nebuzán, Marsán y Gabardán entre otros. Gastón IV, estaba casado con Leonor (reina de Navarra en 1479), hija de los reyes de Navarra, Blanca (1425-1441) y Juan II (1425-1479) por lo que a su muerte, sus nietos, Francisco Febo I (1479-1483) y Catalina de Foix (1483-1517) heredarán todas sus posesiones reunificándose el reino de Navarra con la mayor parte de los territorios de la Baskonia continental.
Tras la invasión de la Alta Navarra en 1512 por Castilla se reorganizaron tropas para intentar la reconquista al otro lado del pirineo. Célebre es la batalla que en 1522 se desarrollo en el monte Aldabe, cerca de Irun, el día de San Marcial en la que las tropas Navarro-Gasconas tras salir de la plaza, todavía Navarra de Hondarribia, y comandadas por los señores labortanos Urtubia y Semper, fueron interceptadas por el ejército imperial español. Todavía hay quien lo celebra pensando que es una batalla ganada a los franceses. Que un pueblo llegue a celebrar la pérdida de su independencia es una muestra de sumisión y pérdida de su identidad.
La conquista supuso la partición de la diócesis de Baiona en 1567 de la que fueron separados los arciprestazgos de Hondarribia (Oarsoaldea), cinco villas (Bortziriak), Santesteban (Malerreka), Baztan y Luzaide por orden del rey Felipe II de España y con la escusa de cerrar las puertas a las ideas protestantes.
